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Bibliographie

Les Créationnistes, Éditions du Cerf, Paris et éditions Fides, Saint-Laurent (Canada), coll. « Bref », 1996, 128 p.
Darwin, Teilhard de Chardin et Cie : l'Église et l'évolution, Desclée de Brouwer, Paris, 1996, 238 p. 
Pierre-Henri Gouyon, Jean-Pierre Henry, Jacques Arnould, Les Avatars du gène [Texte imprimé] : la théorie néodarwinienne de l'évolution, Belin, coll. « Regards sur la science », Paris, 1997, 335 p.
La théologie après Darwin : éléments pour une théologie de la création dans une perspective évolutionniste, Éditions du Cerf, coll. « Théologies », Paris, 1998, 302 p.
Jacques Arnould et Lucienne Rousseau, Le parfum et les larmes, Les Éditions de l'Atelier, Paris, 1999, 102 p. 
Jean-Didier Vincent, Jacques Arnould, La Dispute sur le vivant, Desclée de Brouwer, Paris, 2000, 174 p.
Dieu, le singe et le big bang : quelques défis lancés aux chrétiens par la science, Éditions du Cerf, Paris, 2000, 154 p.
L'Église et l'histoire de la nature, Éditions du Cerf, coll. « Histoire du christianisme », Paris, 2000, 130 p. 
Jean-Pierre Haigneré, Jacques Arnould, Chevaucheur des nuées, Solar, Paris, 2001, 151 p.
Accueillir la différence, Les Éditions de l'Atelier, coll. « Mieux vivre », Paris, 2001, 143 
La Seconde Chance d'Icare : pour une éthique de l'espace, Éditions du cerf, Paris, 2001, 235 p. 
Quelques pas dans l'univers de Pierre Teilhard de Chardin, Aubin, coll. « Science et spiritualité avec Teilhard de Chardin », Saint-Étienne, 2002, 102 p.
Les Moustaches du diable : lorsque la foi se frotte à la science, mais aussi à l'astrologie, aux miracles, aux expériences de mort imminente, Éditions du Cerf, Paris, 2003, 213 p. 
Ouvrage distingué par le Prix La Bruyère 2004 (médaille d'argent), attribué par l'Académie française.
La lune dans le bénitier : conquête spatiale et théologie, Éditions du Cerf, Paris, 2004, 180 p.
Pierre Teilhard de Chardin, Perrin, Paris, 2004, 389 p. 
La Marche à l'étoile : pourquoi sommes-nous fascinés par l'espace ?, Albin Michel jeunesse, 2006, 187 p.
Violette Le Quéré-Cady (scénario, dessins et couleurs), Le Jardin de l'espace, INRA éditions, coll. « Okissé », Paris, 2006, 48 p. 
Jacques Arnould y est crédité de la manière suivante, sur la page de titre mentionnant l'auteur : « avec les conseils éclairés de Jacques Arnould ».
Dieu versus Darwin : Les créationnistes vont-ils triompher de la science ?, Albin Michel, Paris, 2007, 317 p.
Reqiem pour Darwin 2009, Broché 239 p 
Lève-toi et marche. Propositions pour un futur de l’humanité, avec Jacques Blamont, Odile Jacob, Paris, 2009, 336 p.